香港大學(港大)土木工程系張彤教授領導的小組,開發了一套嶄新的評估框架,針對被世界衛生組織宣佈為全球公共衛生威脅的抗生素耐藥性(抗性)基因,系統地評估其對人類所構成的風險。研究成果已於科學期刊《自然-通訊》發表。
微生物對抗生素產生耐藥性,遺傳上源於其抗生素耐藥性基因(抗性基因)。而人類對付抗生素耐藥性的一個長遠目標,便是在數千種抗性基因中識別出其中的高危基因,進而尋找有效的應對方法。
張教授團隊研發的評估框架,以三個因素作爲主要評估基礎,包括這些抗性基因是否高度集中於與人類相關的環境中,它們在微生物種間的可轉移性,以及在宿主(人類)内的可致病性。
評估框架提供了一個合理的風險階梯:
第IV級(最低風險)- 與人類無關、最不可能危害人類健康的抗性基因;
第III級 - 與人類相關,但不會在不同細菌間轉移擴散,即不大可能導致病原體出現新抗性的抗性基因
第II級 - 與人類相關,會在不同細菌間轉移擴散,但尚未在人類致病菌中出現,即尚未但可能出現的新耐藥性風險的抗性基因
第I級(最高風險)- 已經存在於人類致病菌中的抗性基因
評估框架為識別高風險的抗性基因提供了切實可行的方法,邁出關鍵一步,為人類應對環境中的抗性基因,應如何決策提供了指引。評估框架容易操作,可應用於其他範疇包括環境風險評估,以及醫療上評估糞便菌群移植的風險。
張教授說:「我們已邁進廣泛使用基因分析技術作分子監測的時代,而評估抗性基因在不同環境中所構成的風險,比簡單地記錄它們的濃度和分佈,更為重要。我們的研究提供了一個容易操作的框架,和一套生物信息學方法,用以衡量抗性基因的基因組和宏基因組信息,評估它們的風險,為未來的研究提供有用的參考。」
研究項目獲大學教育資助委員會的主題研究計畫(TRS)資助。
關於研究團隊
論文第一作者章安妮博士是張教授的前博士生,現為麻省理工學院的博士後。研究團隊的其他成員包括張教授指導的博士生殷曉樂和博士後李麗觀、密西根州立大學的James Tiedje教授、加拿大農業和農業食品部首席研究員Edward Topp博士、麻省理工學院的Eric Alm教授、哈佛大學的William Hanage教授、麥考瑞大學Michael Gillings教授,以及代爾夫特大學的Mark Loosdrecht教授等。
關於張彤教授
張彤教授的環境微生物組工程與技術實驗室的研究重點是「環境微生物組」,近年他們一直進行領域内的一個新興課題「抗生素耐藥性的環境維度」的前沿研究工作。有關張彤教授及其研究團隊的更多資訊,請瀏覽:https://smile.hku.hk/
研究論文的連結:https://doi.org/10.1038/s41467-021-25096-3
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