港大環境DNA與環境生態實驗室舉辦香港首屆國際eDNA工作坊 培育新一代eDNA研究員
2024年06月05日
環境DNA(eDNA)是一種用以評估生物多樣性的重要工具,在生物保育、環境評估和生態系統管理方面發揮重要作用。雖然eDNA在國際上已相當普及,但在香港卻仍處於起步階段。為了促進香港及周邊地區的eDNA研究發展,香港大學(港大)生物科學學院的環境DNA與環境生態實驗室(eDNA & eEcology Laboratory)於2023年10月在香港舉辦了第一屆國際eDNA工作坊。該工作坊由裘槎基金會 (https://croucher.org.hk) 資助,並得到港大生物科學學院的支持,讓新一代eDNA研究人員向國際專家學習如何設計、實踐、分析和報告與eDNA相關的研究。近日,該實驗室的研究人員於《Environmental DNA》期刊上發表了一篇評論文章,對該工作坊的研討內容進行總結,並為未來的相關研究提供方向。
有效的生態系統管理對人類社會和環境穩定性越來越重要。生態系統為我們提供淡水供應、管理有機廢棄物、維護食物鏈安全,以及賦予我們悠然自得的休憩空間;為了確保人類活動不會危害生態環境的功能,我們必須積極進行有效的生物監測。儘管許多傳統的監測和評估方法已被制定,並用於日常的生態系統監測,然而必須依靠各式各樣的設備和專業知識來配合,並且通常既耗時又昂貴。
相比之下,eDNA作為一種非侵入性的取樣方法,無須直接接觸生物個體,操作相對簡單。只要通過收集環境樣本(如土壤、水、空氣)中生物在生物過程(如脫皮、排便或繁殖)中遺留在環境中的DNA,就能利用標準化的採樣和分子生物學技術來識別物種。這種測量方法不但能提供更豐富的生物信息,更已證明比傳統採樣方法更快捷且成本更低。
儘管eDNA方法在許多國家,包括中國內地,已經相當普及,但在香港的應用仍然相對落後。港大生物科學學院的馬特教授(Professor Mathew SEYMOUR)創立了環境DNA與環境生態實驗室,旨在填補本地學術研究的知識缺口。馬特教授和他的團隊透過在香港舉辦第一屆國際eDNA工作坊,與本地和海外研究人員分享現有的eDNA知識,激發他們對 eDNA研究的興趣,積極促進該領域於本地的發展。
是次工作坊於2023年10月舉行,由實驗室成員與其他本地大學的研究人員組成的委員會共同完成。培訓導師包括一些在eDNA領域內享譽盛名的學者:Micaela Helström博士、Matthieu Leray博士、Vasco Elbrect博士、Isis Guibert博士及Gert-Jan Jeunen博士。工作坊的主要目標是為有興趣將eDNA納入其研究中的人員提供必要的工具和知識。
工作坊為期兩週,首先進行了一系列有關eDNA的背景和基礎知識的講座。隨後,參加者前往西貢進行實地考察,學習如何在野外採集和處理eDNA樣本。在接下來的幾天裡,參加者接受了eDNA實驗訓練,親身體驗從eDNA樣本中提取DNA和建立高通量測序序列關連族群條碼的文庫(High throughput sequencing metabarcoding libraries),以創建生物群落數據。
第二週的課程包含了不同的指導教程,介紹如何處理高通量測序的數據,包括生物信息學培訓、物種分類賦碼和使用R編程語言分析數據。工作坊也提供了有關圖像生成的教程培訓,同時與一眾參與者就出版與寫作倫理(Ethical publication practices)等議題進行了深入討論。在近日出版的評論文章裏,實驗室的成員將本次工作坊的內容公開,以便有興趣的人士進一步學習和使用。
這次工作吸引了來自八個國家、共30名的參與者,當中主要為年青學者,包括博士生、博士後研究員和新上任的助理教授,還有來自非牟利組織及有興趣將eDNA納入業務範疇的業界人士。參加者更獲邀在評論文章中提供意見,表達對工作坊的感想。
隨着香港第一屆國際eDNA工作坊的熱烈迴響,實驗室承諾會繼續在港大生物科學學院的支持下,每兩年舉辦一次eDNA工作坊。即將開展的工作坊將包括最新的分子方法,以配合eDNA領域的急速變化,並提供參與在本實驗室進行eDNA研究的機會。是次工作坊凸顯了促進知識交流和加強協作的重要性,與港大的研究理念和推廣香港作為研究和創新的重要樞紐目標一致。
如欲參閲更多關於環境DNA與環境生態實驗室的資訊,請瀏覽以下網址:https://www.seymourlab.net
有關相關評論文章:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/edn3.552
(此新聞稿以英文版本為準。)
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